无痛流产的危险主要有术中和长期的伤害。主要危害有出血、子宫穿孔、人流综合征、感染、宫颈裂伤、羊水栓塞等。以下是长期的合并症：
1、月经改变：外科治疗对子宫内膜有损伤，主要有月经量减少、闭经等。
2、宫腔内粘连：术后外伤和宫腔内的炎症导致宫腔内的粘连。
3、不孕：因流产而发生的感染，造成输卵管阻塞，宫腔粘连。造成不孕。
4、感染后遗症：腰痛，慢性腹痛等。
无痛人流有可能引起女性月经不调甚至影响受孕。无痛人流相对来说还是损伤较小的，但只要是流产都会对身体造成一定损伤：做一次无痛人流的危害有：1、术中大出血。由于临床医师的失误，无痛人流手术过程中，造成宫颈撕裂，子宫穿孔等，甚至有可能危及生命。2、流产不净。由于人流手术方式的差异，很有可能导致子宫内胎囊没有完全吸净或者刮净。仍留下妊娠组织残留，导致阴道出血持续不净或有少量出血。3、术中术后发生感染。因为医疗器械和无痛人流手术室没有达到国家标准，很有可能在手术过程中造成感染。此外，术后不注意卫生，也大大提高了感染的几率。术后一个月内严格禁止性生活和盆浴，加强个人卫生护理，每天用温水清洗外阴，保持外阴干燥洁净。饮食上注意清淡营养，保持心情舒畅，注意定期复查。
人流一般指人工流产。通常来说，做无痛人工流产的危害有导致过敏性休克、呼吸心跳停止或者引起呕吐、反流、心率失常等危害。
人工流产是指妊娠3个月内用人工或药物方法终止妊娠称为早期妊娠终止，可以用来作为避孕失败意外妊娠的补救措施，也用于因疾病不宜继续妊娠、为预防先天性畸形或遗传性疾病而需终止妊娠者，而做无痛人工流产，需要使用麻醉药，可能会导致过敏性休克，从而导致呼吸心跳停止或者引起呕吐、反流、心率失常等危害。
无痛人流的危害有损伤子宫及内膜，但是损伤程度和医生技术、自身体质以及流产后身体调理有关。一定要去正规的医院做流产手术。但经常人流，容易导致子宫内膜变薄，月经量少，引起习惯性流产。
任何的流产方法都是有危害性的，流产有可能会导致出血多，或是术后抗炎不好，导致感染妇科炎症无痛人流相对影响小一些，但是术后也是需要注意抗炎治疗的，注意别吃刺激性食物，可以服用一些药物促进子宫收缩，做好流产后复查。
在无痛人流的过程中，如果医生觉得病人的子宫收缩情况良好，并且宫腔里的东西都清理干净，那么就可以上环。但是，在做手术的时候，如果患者的子宫收缩功能没有得到很好的改善，并且出现了大量的大出血，或者是检查不出来宫腔中是否存在残余的组织，那么这个时候是不能上环的。上环之后，宫腔中有残余的组织，就必须重新拔掉节育器，然后进行清宫。