如果患者的卵巢囊肿是恶性的，则CA125值通常会升高，但良性的卵巢囊肿，一般则不会导致CA125值升高。
CA125值是一种肿瘤标志物，但不可仅凭此就将其用于诊断肿瘤，在某些良性疾病中，CA125值也会升高。CA125值一般观测卵巢癌患者的术后检查，如果患者在术后，CA125值水平降至正常，复查时又出现重新升高的现象，则表明患者可能出现复发的情况。
一般情况下，良性卵巢囊肿可能会导致CA125轻微升高，具体分析如下：
良性卵巢囊肿有可能会导致CA125出现轻度升高，一般是由于卵巢巧克力囊肿导致的。结合病史，如果有痛经的病史并且进行性加重，还可能会不孕不育，另外半个月再复查的时CA125值没有改变，基本上就可以考虑是卵巢巧克力囊肿。
对于卵巢巧克力囊肿患者，建议尽快手术治疗，术后为了预防复发还要用相应的药物，连续用药三个月经周期或半年的时间。
卵巢囊肿会导致CA125增高，CA125是一种常见于卵巢上皮癌的肿瘤标志物，这种病人在检查时会出现CA125高于正常值。但在某些特定的条件下，也会引起盆腔炎、子宫内膜异位症、卵巢囊肿等疾病，特别是50岁以下的女性，CA125增高并不一定就是卵巢癌。女性50岁以上的女性，CA125水平增高，需要密切关注。
一般情况下，如果患者的卵巢囊肿为生理性囊肿，卵巢囊肿CA125通常不会高；如果是病理性的则可能会高，具体内容如下：
CA125是一种糖蛋白复合物，有助于诊断患者的疾病，而卵巢囊肿CA125是否会增高需要根据其类型进行判断，并不能笼统地一概而论。如果女性体内存在生理性的卵巢囊肿，如卵巢滤泡囊肿、卵巢黄体囊肿等，此时，CA125通常不会比较高。但是，如果患者患有子宫内膜异位症、结核性腹膜炎等病症，检查结果可能会提示CA125偏高。
卵巢囊肿癌胚抗原会升高，肿瘤状态时，会使得机体一些“关闭”的基因激活，出现了返祖现象，而重新开启并重新生成和分泌这些胚胎、胎儿期的蛋白。其中癌胚抗原就是正常胚胎组织所产生的成分，出生后逐渐消失，或仅存极微量。当细胞癌变时，此类抗原表达可明显增多。
怀孕会卵巢囊肿的原因如下：
女性患者在怀孕以后，卵巢需要形成黄体，黄体的分泌的激素，才能够支撑正常的怀孕，继续延伸下去。在这情况下，卵巢的黄体继续增大，就会在B超下显示，卵巢比没有怀孕时要大，因此，孕妇对于这个问题不必过度紧张担忧。如果囊肿存在异常，就需要及时去正规医院进行检查治疗，防止出现不必要的意外。另外，孕妈在孕期需要定期去正规医院进行产检，观察胎儿的发育状况，排除胎儿的异常情况。
