功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。
下丘脑性闭经是闭经当中最复杂的一种。除了治疗相应的原发病因以外，根据病者体内的雌激素水平和是否生育的要求，可以采取治疗。如果有生育要求，应该积极的诱导排卵，可以使用氯米芬促性腺激素，如果对无生育的雌激素水平低下的下丘脑性闭经，主要是以补充性激素为主。另外还可以用中医的疗法，中医是用补肾和活血来治疗下丘脑性闭经。治疗血虚、肾亏所引起的闭经，可以使用食物汤，或者根据症状的加减来进行治疗。
下丘脑垂体闭经调节不良，中西医结合效果较好。中医认为闭经过多肾精不足，冲任失调，无血可联。另外，过去甲亢、甲状腺激素分泌过多会抑制下丘脑垂体，因而FSH和LH分泌就会减少的，导致闭经、人工循环3-6个月，期间取肾补精、经经经中药治疗。
这个需要到正规医院检查然后在医生的专业指导下进行治疗。这个属于闭经月经是由中枢神经系统恶化和下丘脑垂体前叶和卵巢功能之间相互调节而控制的。如果有某种原因导致直接，间接的影响了激素分泌的平衡，就会影响卵巢功能从而出现闭经的情况。
下丘脑闭经病人最初会出现闭经现象，属于继发性闭经，那么下丘脑闭经病人可以通过检测激素水平来选择合适的治疗方法。丘脑导致的闭经虽不是很好，但是病人的激素水平可以与中药人工周期和慢慢调节月经不调的现象，虽然治疗周期长，但更为保守的治疗方法，治疗一段时间后可以慢慢恢复正常月经。
下丘脑垂体性闭经是由于下丘脑激素分泌异常导致的闭经。一定要在第一时间去治疗才行，可以尝试使用激素治疗的方法或者是药物治疗的方法，或者是中医针灸治疗的方法。平时注意卫生，避免辛辣刺激的食物。