新生儿甲状腺功能减退通常在出生后48-72小时进行足底血促甲状腺激素(TSH)筛查。
如果TSH明显高于正常值，则需要重新检查至少三项甲状腺功能：游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺激素(FT4)和TSH。如果甲状腺功能提示TSH仍明显高于正常值，则甲状腺功能减退的诊断是明确的。治疗应尽早补充甲状腺激素：左旋甲状腺素钠。并且初始剂量应该很大。可以从每公斤体重10-15ug开始，尽最大努力让甲状腺功能尽快恢复正常，并且要长期治疗，定期复查甲状腺功能，调整药物剂量。
新生儿甲状腺功能异常应采用以下方法治疗。
首先是甲状腺激素片补充和替代治疗。新生儿甲状腺功能异常包括新生儿甲状腺功能减退和甲状腺功能亢进。最常见的是新生儿甲减。儿童甲减，代谢过慢，粘液性水肿，心率减慢，影响儿童智力。甲状腺激素片应及时补充。其次，抑制甲状腺功能。甲状腺功能亢进，可能导致眼睛突出，心率过快，应积极抑制儿童甲状腺功能。建议及时到正规医院儿科就诊。
新生儿促甲状腺激素偏高的治疗方法，主要是根据甲状腺激素的水平进行选择。
1.若新生儿的促甲状腺素仅有轻微升高，则只要进行常规的检查，不需特别治疗，大部分情况下都能在一定程度上痊愈。
2.若新生儿的促甲状腺激素偏高，持续做了多项检测，出现了高的甲状腺激素，并且出现了持续不退、拒乳、嗜睡等症状时，可以口服左甲状腺素钠片、碘塞罗宁钠等。通过药物的处理，儿童的病情可以得到很好的改善。
甲状腺低的治疗方法如下：
1、平时生活中饮食营养要均衡，少吃含碘的食物。很多家庭做饭用的是加碘的食盐。可以买无碘食盐，这有助于缓解病情。
2、注意休息，平时不要太累。特别是不要熬夜。会加重病情。上班族减少加班，适当休息，病情就会有所好转。
3、平时可以多做运动，去健身房健身，练习瑜伽。
4、到医院请医生开药，治疗期间按时吃药。
一般情况下，新生儿促甲状腺激素偏高可以通过以下方式进行治疗。新生儿促甲状腺激素过高可能是由于体内的甲状腺激素过低，导致其甲状腺机能下降，从而导致儿童的生长发育和神经发育受到严重的损害。首先新生儿中的促甲状腺素偏高，可以通过常规的检查来进行治疗，一般不需要特别治疗。如果出现促甲状腺激素升高的情况，一定要在专家的建议下尽快就医。
这是由于母体内高浓度的促甲状腺素受体刺激性抗体经胎盘进入胎儿所致，通常在生后3个月左右逐渐缓解。小儿甲亢的处理不同于成人，在口服药、手术切除及核素碘三者中，首选为口服药，一般需口服2～3年；桥本病导致者可缩短些。疗法的选择应根据年龄、病程、甲亢类型、甲状腺大小、药物反应、有无桥本病、家长能否坚持处理等。