甲状腺萎缩的原因可以是萎缩性甲状腺炎。
部分患者体内存在抑制甲状腺细胞生长的免疫球蛋白，可能是甲状腺发育不良、部分发育不良或完全发育不良，甲状腺经碘131放疗后发生甲状腺萎缩。彩色多普勒提示甲状腺萎缩，应检查甲状腺功能。患者甲状腺功能维持在正常范围内，需密切随访，出现甲状腺激素减少，需替代治疗左甲状腺激素片。
甲状腺萎缩的原因病毒感染等因素造成的甲状腺炎，那么萎缩以后很容易出现甲状腺功能减退。也有可能是先天性的，或者由于自身免疫等因素，需要及时治疗，并且补充甲状腺激素治疗。
甲状腺萎缩的原因有自身免疫损伤、甲状腺破坏、碘过量、抗甲状腺药物的使用这四种原因，原因不一样，治疗方式就会不一样，所以患者先要检查清楚到底是什么原因导致的，在治疗。
原因有可能是由于可能是先天性的，或者由于自身免疫等因素，病毒感染等因素造成的甲状腺炎，那么萎缩以后很容易出现甲状腺功能减退，要及时到正规医院进行治疗。
可能是由于甲状腺发育不良或者是完全不发育，或可能是由于体内存在抑制甲状腺细胞生长的免疫球蛋白有关，也有可能是由于甲状腺素合成途径中酶缺陷导致的一种疾病。