一般来说，如果在来月经的时候进行艾灸，通常灸腹部远处的穴位最好，比如三阴交、阴陵穴、地机、漏谷等。三阴交一般位于内踝上三寸，胫骨前缘；地机穴和漏谷穴一般位于小腿内侧；阴陵穴一般位于膝盖之下，即胫骨内侧下缘和内侧缘之间的凹陷。如果在艾灸腹部的穴位，可能会导致月经量增加。如果是在非月经期进行艾灸，位置通常位于下腹部。
一般情况下，痛经艾灸以下位置：
痛经是妇科临床上比较常见的症状之一，女性出现痛经是由于女性的子宫内膜分泌的前列腺激素升高，或是由于自身存在的一些妇科问题所导致的。可以通过艾灸来进行治疗，可以选用子宫、涌泉、三阴、足三里、阴陵、神阙、关元等穴位进行艾灸，能够疏通经络，从而缓解痛经。同时做好保暖工作，尽量不要受凉。
痛经的原因不同，艾灸的部位也有所不同。若痛经是由于气滞血瘀所致，则艾灸穴位主要取任脉、足厥阴肝经、足太阴脾经上的穴位，如小腹部的中极、关元、神阙、太冲、三阴交等穴，还可以加用合谷、足三里等穴位。若痛经是由于肝肾亏虚所导致，则艾灸穴位主要取任脉、足厥阴肝经、足少阴肾经以及相应背腧穴，如关元、太冲、太溪、脾俞、肾俞、命门等穴。
不同种类的痛经，针灸的范围也是不一样的，发生在月经之前或者来月经的前2天，而出现的痛经，多为实性痛经。实性痛经，多是因为寒邪凝结于胞宫所导致，所以主要灸的穴位有三阴交、中极、次髎。如果寒凝比较严重者，可以加用归来和地机；有气滞者可以加用太冲；有腹胀者可以加用天枢和气穴；双胁胀痛者，可以加阳陵泉和光明。
痛经艾灸选择子宫穴，位于下腹部，脐下一横掌处脐下4寸正中。左右旁开四横指旁开正中线3寸的距离各有一点即是此穴。点揉子宫穴，刺激子宫穴是直接针对女性生殖器的调理手法，具有活血化淤、理气止痛的作用。用双手食指，中指按压住两旁子宫穴，稍加压力，缓缓点揉，以酸胀为度，操作5分钟，以腹腔内有热感为最佳。
