卵巢囊肿48mmx36，手术时是不是要切除卵巢取决于卵巢囊肿的性质。如果卵巢囊肿是良性的，是不需要切除卵巢的，只需要将卵巢囊肿从卵巢中剔除就可以了。但如果卵巢囊肿是恶性的，不仅需要切除卵巢，还需要切除子宫，输卵管，然后进行淋巴结的清扫。而卵巢囊肿性质的判断需要结合核磁共振检查、超声检查，以及术中冰冻病理共同决定。
5厘米的卵巢囊肿，不算是很大。
不过也有可能会发生一些并发症，比如扭转、破裂或者感染等。如果之前没有发现过这种情况，可以在月经干净以后再复查一下B超。如果消失了，说明这是生理性的黄体囊肿，不用治疗。如果囊肿经过彩超检查发现囊肿内有乳头状突起，并且伴有丰富的血流信号，此时行肿瘤标志物检查，发现肿瘤标志物明显升高，考虑囊肿可能有恶变的可能，这时需要行手术干预。
通常情况下，卵巢囊肿61mm的患者可以通过手术治疗、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
1.手术治疗：卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，免疫力下降、感染、吸烟、电离辐射等因素都有可能会导致卵巢囊肿，患者可能会出现坠胀、下腹部不适、月经异常等症状，由于卵巢囊肿61mm的患者使用药物并不能得到较好的治疗效果，患者可以通过卵巢囊肿切除术、附件切除术、子宫切除术等方式进行治疗。
2.日常护理：患者配合医生进行治疗时，平时应注意个人卫生，保持私处的清洁、干燥，早睡早起，还可以适当的进行运动，促进身体恢复的同时，还能提高患者免疫力。
卵巢囊肿是不需要切除卵巢的。卵巢对于女性非常重要，如果完全切除一侧卵巢，虽然还有另一侧卵巢，但是如果是另一侧卵巢功能丧失或者出现囊肿，就给女性会带来很大的困惑，会出现更年期提前的症状。所以临床上对于卵巢囊肿的手术，只要单纯的将囊肿剥离下来，然后缝合剩余的卵巢组织就可以。
卵巢囊肿是不需要切除卵巢的，因为单纯性的囊肿多数属于良性的，并且如果平常不大，都不用做手术。如果很大的，大约5-6cm，才需要进行手术治疗。只需把单纯性的囊肿剥出来。
如果卵巢囊肿增大了，达到五厘米左右了，还是手术治疗比较好，术后恢复很好的，如果检查没有其它疾病的话，可以先暂时不用治疗，每半年复查一下彩超，了解卵巢囊肿的变化就可以的，不要担心，术后注意保暖，不要着凉。