半夜12点到1点咳嗽厉害主要是因为在夜间神经敏感性会增强，这个时间段也是肺排毒的时间，所以咳嗽的症状会比较严重，另外也可能是因为咳嗽变异性哮喘或左心功能不全导致的，咳嗽变异性哮喘患者不仅会出现半夜咳嗽明显的症状，还会出现哮鸣音，经过支气管舒张或吸入性激素治疗以后，症状会有所缓解，如果有左心功能不全的情况，患者夜间心功能下降以后也会引发严重的咳嗽。
半夜由于温度下降，另外，由于人的副交感神经的兴奋，气道处于收缩状态，就会诱发出咳嗽反应。什么疾病下这种反应会加重，一般见于咳嗽变异性哮喘、感染后咳嗽。这一类咳嗽的病人，气道要比一般人要敏感，容易受到冷空气刺激，另外气道容易受到植物神经的调控而发生咳嗽。
宝宝半夜咳嗽厉害，是支气管炎所引起的典型表现，因为卧位睡觉时，胸腔的压力会增加，可导致支气管炎的症状加重。注意多喝水和避免受凉。避免孩子接触到刺激性的化学气体以及二手烟。
这可能是咳嗽变异性的哮喘导致的咳嗽，在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
白天不怎么咳嗽晚上咳嗽的厉害，考虑应该是咳嗽变异性哮喘，特点是发作性的刺激性干咳，每因感冒，受凉，运动或者接触变应原后马上出现咳嗽。发病的机理是气道的高反应性，气道痉挛，而不是感染导致的炎症。
小儿夜间咳嗽可见于呼吸系统疾病和消化系统疾病，可见于支气管炎，咽喉炎，支气管肺炎，反流性食管炎等疾病有关。可能与炎症感染，反流的胃内容物刺激咽后壁，异物或刺激性气体吸入，气候改变等因素所致。