发烧嘴巴起泡可以在医生的指导下服用抗病毒药物。口腔有水泡可能是因为患有手足口病，也有可能是疱疹性咽峡炎引起的，所以要在使用之前要明确病因，然后进行针对性的治疗。要到医院进行详细的检查，并结合血常规，c反应蛋白等进行诊断，如果是疱疹性咽峡炎引起的，可以在医生的指导下服用抗病毒药物，同时还可以服用一些中药进行清热解毒等。要多喝水，多吃蔬菜和水果。
一般情况下，宝宝发烧嘴巴里面起泡可能是以下原因导致的：
如果宝宝发烧嘴巴里面起泡，很有可能是疱疹性咽峡炎，疱疹咽炎一般都是由病毒感染造成的，如果出现了病毒感染，一般需要进行相应的治疗，如果温度超过38.5℃，可以服用退烧剂、布洛芬、对乙酰氨基酚等药物进行治疗。在38.5以下，可以通过适当的物理方法来进行降温，多饮用一些温水。
宝宝发热后唇部出现疱疹是由病毒感染所致。如果因疱疹影响进食，需局部用药，减轻炎症反应，促进溃疡面愈合。做好日常餐具、玩具的消毒，不跟其他宝宝玩，避免交叉感染。
可能是孩子发烧引发的幼儿急疹，给孩子到儿科做相应检查，避免手足口的情况，可以给孩子不用退烧药和抗生素，消炎类药物改善，平时多给孩子喝水，多观察宝宝精神状况。
发烧引起嘴巴起泡，可能性比较大的为上火引起的疱疹，一定要注意多喝水，避免熬夜。在干燥的季节更加容易出现发烧嘴巴起泡的现象，可以补充维生素，也可食用动物的肝脏、新鲜的蔬菜补充维生素。
很多病毒感染都会在烧退后发一点小的疹子或，有时在身上，如果在口腔就会变成溃疡或水泡。要靠孩子的自身免疫系统来恢复，喝一些清热解毒的汤水会有帮助。建议继续服用些药物处理一下。