儿童做支气管镜的危害有麻醉风险、呼吸困难、缺氧等。小儿支气管镜一般不会配合，一般会有以下几种危险因素：
1、麻醉风险：麻醉时有可能发生麻醉事故，有时麻醉后会有后遗症。
2、呼吸困难：由于孩子不配合检查，会导致咽喉水肿，呼吸困难。
3、缺氧：一些具有高度反应能力的儿童，可发生严重的支气管痉挛，造成缺氧，甚至有生命危险。
麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
顽固性，刺激性咳嗽，咯血或者痰中带血，不明原因的局限性哮鸣音。肺部感染性疾病的深部标本的获得，清除气管支气管内的分泌物和痰栓，怀疑支气管结核或者肺结核的诊断。肺部弥漫性病或者间质性疾病变不能确诊时，通过支气管镜活检或者灌洗帮助诊断。气管、支气管内异物。吸入性烧伤者了解气道情况。引导气管插管。
支气管镜检查有适应证和禁忌症，适用于支气管疾病的检查，患者出现不明原因的胸腔积水时，使用支气管镜检查是比较好的，但是支气管镜检查也有禁忌，一些有心血管疾病的患者，是不能进行支气管镜检查的，还有一些出现严重气胸、有严重感染性疾病的患者，都不适合进行支气管镜的检查，除此以外，腹主动脉瘤严重的情况下，也不适合支气管镜检查。
纤维支气管镜检查的禁忌症主要包括大咯血、严重心肺功能失常、合并急性心肌梗塞以及严重呼吸困难。纤支镜检查的禁忌症是相对的，临床上并没有绝对禁忌症，包括大咯血和严重心肺功能衰竭，通过气管插管抢救之后，如果有需要，仍然可以在床旁进行纤支镜检查。这种检查是将细长光导纤维支气管镜经口或经鼻伸入下呼吸道,经过声门进入气管和支气管及更远端,直接观察气管和支气管病变,根据病变进行相应检查和治疗。
有副作用，麻醉风险:治疗期间可能发生麻醉事故，偶尔麻醉后可能出现后遗症等。呼吸困难:由于儿童在检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，造成呼吸困难；低氧血症:一些高度反应性的儿童会遭受严重的支气管痉挛。