云南白药与扶他林最大的区别在于成份不同，具体内容如下：
扶他林是一种西药，其主要成份为双氯芬酸钠，是一种非甾体类消炎药，常用的药物有扶他林口服片、扶他林软膏等，具有治疗腰腿疼痛、腰部肌肉劳损、关节炎等症状。云南白药是一种中成药物，能够治疗局部腰肌劳损、关节炎、跌打损伤的等病症，具有活血化瘀、消肿止痛的作用。
扶他林一般指的是双氯芬酸二乙胺乳胶剂。通常情况下，双氯芬酸二乙胺乳胶剂和云南白药建议不要一起用。具体情况分析如下：
双氯芬酸二乙胺乳胶剂属于NSAIDs类药物，云南白药是属于中成药，两种药都可以起到消炎去痛的作用，如果涂抹过双氯芬酸二乙胺乳胶剂以后再在同一个部位使用云南白药，可能会引起药物的交叉反应，更容易引起皮肤过敏，因此双氯芬酸二乙胺乳胶剂和云南白药建议不要一起用。
扶他林和云南白药本身就不是同一类药物，所以说是没有可比性的。扶他林属于非甾体类抗炎药物，主要是对抗无菌性的炎症和缓解疼痛的作用，主要是应用于肌肉劳损，筋膜炎，关节退变，狭窄性腱鞘炎疼痛的治疗。而云南白药是活血化瘀药物，起到活血通络，通痹止痛作用，是促进瘀血，肿胀的吸收和消退的药物，主要是应用于跌打损伤。
这两种药是截然不同的两种药物，尽管都有止痛作用，都可以通过皮肤吸收发挥作用，但是止痛原理不同，扶他林起主要治疗作用的是双氯芬酸钠，属于非甾体类消炎止痛药，是前列腺素合成抑制剂，通过抑制前列腺素合成达到抗炎、镇痛作用，属于西药，云南白药是典型的中成药，由于成分国家保密，具体成分不明，但是可以肯定的是几种或者数种中草药的复合体，具有活血止血、化瘀消肿止痛的作用，中药的止痛作用是综合作用的结果。
对于这两种药，前者比后者好。前者药膏中所含的双氯芬酸，是公认的止痛金标准，具有抗炎镇痛，加速恢复的功效，而且有独有的乳胶剂型，质地轻薄，能更快渗透、更容易吸收，直达疼痛部位，快速止痛，起效速度是一般药物的三到四倍。
