一般来说，男性生殖器真菌感染可以选择药物治疗。
男性生殖器官被真菌感染的一种疾病，可以采用局部用药，先用碳酸氢钠溶液清除龟头前方的分泌物，保持局部清洁和干燥，然后可以外用一些抗真菌药物，如克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等。重度的病人可以服用氟康唑片等药物。同时要注意个人卫生，每天晚上要清洗龟头，经常更换内裤。
一般情况下，生殖器真菌感染可以通过药物治疗、生活护理等方式进行改善，具体内容如下：
生殖器真菌感染会导致龟头局部会有豆腐渣样的分泌物，伴有明显的瘙痒。首先可用碳酸氢钠溶液或氟康唑注射液进行冲洗，保持局部清洁和干燥，外用抗真菌药物，如克霉唑乳膏、硝酸米康唑乳膏等。在治疗的时候要注意个人卫生，要经常更换内裤，并且要把内裤用热水冲洗干净，不要在阳光下曝晒。
主要临床症状是阴茎、包皮或者龟头出现轻度的发红，局部有豆腐渣样的分泌物，还会有淡红色的丘疹，伴有明显的瘙痒感。男性生殖器出现真菌感染，大部分是因为感染了念珠菌，可以诊断为念珠菌性包皮龟头炎，与自身患有糖尿病，或者长期使用激素类药物、免疫抑制剂等导致免疫功能下降有关系。
一般来说，男性生殖器真菌感染用抗菌药。
如果是男性外阴真菌感染，可以使用抗菌药物。最常见的是克霉唑胶囊和特比萘芬片，局部可用5%碳酸氢钠外洗，也可以外用高锰酸钾，也可以外用克霉唑软膏、硝酸咪康唑软膏。一般情况下，口服和外用的药物都要使用4-6个星期。真菌的治疗很难，需要很长的时间，需要持续的治疗。如果局部瘙痒，也不能用手抓，否则会造成交叉感染。
男性生殖器真菌感染一般是龟头和包皮的真菌感染，通常见于包茎或者包皮过长的患者。通常的症状可以见到阴茎头、包皮内板或者冠状沟处，也就是把包皮翻起来以后可以看到大量的、黏稠的、豆腐渣样白色污垢，洗干净了以后可能很快就会再次出现。另外可以看到阴茎头、冠状沟和包皮内板红肿，并且有红色的丘疹，有些患者会看到感染的皮肤和正常的皮肤有明显的分界线，会出现皮肤瘙痒，这种痒非常难以忍受，而且会有烧灼感。建议患者及时去医院就诊，明确具体情况，对症治疗。
生殖器真菌感染是包皮过长，包皮包住龟头，造成阴暗潮湿的环境，容易导致真菌感染，或者性交的对象有真菌，也就是有霉菌性阴道炎，也会导致真菌感染，每天将生殖器清洗干净，并保持干燥，可以有效的减轻症状。