一般情况下，专业治疗毛囊炎的方法有药物治疗、物理治疗等，具体内容如下：
对于毛囊炎初期未化脓者，可以外用碘酊，也可以外用百多邦软膏、夫西地酸乳膏等。口服的抗生素有青霉素类，头孢类，大环内酯类，也可以根据药敏试验来选择。在临床上，需要结合免疫调节剂（转移因子口服液）来进行治疗。在疾病初期可以使用物理治疗，如超短波、远红外、紫外线等物理治疗。
出现毛囊炎以后，首先可以采用局部的治疗，外用针对性的软膏涂抹患处，每日可以数次，配合口服抗生素药物进行治疗，还可以配合物理紫外线、超声波等治疗办法，多吃新鲜的蔬菜和水果，蔬菜和水果里含有碱性物质，碱性物质有利于毛囊炎的恢复。
毛囊炎早期是与毛囊口一致的红色的小丘疹，或者最初是一个毛囊性脓疱疮，随后迅速发展成丘疹性脓疱，中间会有毛发，四周有红晕，呈炎症性的表现。随着病程的延长，会有干燥结痂，大约一周左右，痂皮脱落愈合。
毛囊炎可能会反复发作，部分毛囊炎的患者甚至会发生疖和痈。毛囊炎的皮疹数目比较多，可能孤立散在分布，会有轻度疼痛的症状。一般好发于毛发比较多的部位，一般愈合后会有小片状的秃发。
治疗毛囊炎脱发可利用药物控制、养成良好的生活习惯等。
脱发性毛囊炎是一种炎症性疾病，本病多见于头部脂溢性皮炎，患者因感染金黄色葡萄球菌所致，可累及任何长毛的部位。临床上治疗一般外用抗生素和糖皮质激素软膏，而泛发性的损害，需口服抗生素。病情严重者，病需要糖皮质激素与抗生素融合用。如果已形成肿脓疱，患者应该在医生的指导下早日切开引流，并使用敏感性的抗生素，如此有利于治疗效果向好。患者的衣帽、毛巾、面盆禁止公用，防止接触传染。此外，还应对患者进行隔离，避免出现交叉感染的情况。
中医可以治疗毛囊炎，能够起到一定的作用。
中医治疗毛囊炎可以配合医生口服清热解毒或者是排毒养颜的中成药，或者是使用中草药熬水以后，对皮肤进行清洗能够起到比较好的治疗效果。如果感觉效果不是特别的理想，也可以使用抗生素软膏治疗，比如红霉素软膏效果可能会比较好一些。
治疗期间也要注意改善饮食，在饮食上尽量以清淡为主。