一般来说，阴茎上长小疙瘩是局部炎症或是局部增生。
如果是局部的炎症或是局部皮肤的增生，那么就会出现一些小疙瘩。如果出现了红肿、疼痛、渗出等症状，可以每天早晚用温水冲洗，还可以用妇炎洁、黄柏洗液等外用，局部可以用红霉素软膏、百多邦外用。痘痘最好不要用手挤压，否则会引起局部感染。在没有彻底治愈之前，尽量避免性生活，以免发生交叉感染。
有可能是细菌感染引起的毛囊炎的症状。一般问题不是很大，只要不疼痛，没有不适的情况下就不用处理。平时一定要注意局部卫生，禁食辛辣刺激性的食物，不要用抓挠，可以使用消炎的软膏涂抹局部。
通常情况下，阴茎出现小疙瘩可能是包皮龟头炎、珍珠样丘疹、尖锐湿疣导致，具体分析如下：
1.包皮龟头炎：小疙瘩以红色为主且仅轻微隆起于皮肤表面，同时还伴有阴茎或龟头的局部红肿。由于炎症导致局部毛囊出现充血，造成局部除包皮、阴茎、龟头红肿外还会出现小红点，可遵医嘱外用高锰酸钾或相关药物进行治疗；
2.珍珠样丘疹：阴茎上小疙瘩如针尖样大小，且沿阴茎冠状沟排列。好发于性活跃期年轻男性，属于良性病变无需特殊治疗；
3.尖锐湿疣：出现在阴茎、包皮或龟头，如菜花样小疙瘩，由乳头瘤病毒导致，一般进行手术治疗。
阴茎长小疙瘩可能是尖锐湿疣引起的症状。可以用一些抗病毒的药物来治疗，也可以用手术来治疗，如用激光，冰冻，电切等物理的方法。最近不要有不规律的性生活。要注意自己的卫生，不吃辛辣刺激的食物。
有可能是感染了炎症也有可能是感染了性病病毒。和有不洁性生活史有很大关系，不洁性生活里可能感染普通的炎症也有可能会感染到性病。需要尽早到医院进行检查，根据检查结果及时对症治疗。以后一定要避免高危性生活。
考虑是皮脂腺异位症，是皮肤皮脂腺堆积造成的，这个一般不用治疗的，但不会自己消失，可以采用冷冻或激光治疗。如是真菌，就不能过性生活，需要治疗后，但真菌还是好治疗的，做真菌检查，也可能是正常的。