一般情况下，新生儿腹泻可以采用以下方式进行治疗：
出生后28天以内的婴儿称为新生儿。在这个时期，新生儿对感染的抵抗力很弱，容易受到感染。如果发现新生儿腹泻的症状，要马上去正规的医疗机构就医。如果有感染的可能，需要入院，给予抗感染的药物，同时补充水分、糖分、电解质等，以避免进一步的炎症蔓延，最终导致脓毒血症。若新生儿出现轻微的腹泻，需要进行动态的监测，可以服用蒙脱石散来起到防护作用，还可以服用一些常用的肠道益生菌药进行治疗。
新生儿腹泻是一种比较常见的疾病，主要是由于着凉，或喂养不当或感染引起的，可以给宝宝服用止泻药，也可使用肚脐贴，要多观察宝宝用药后的不良反应，给宝宝注意保暖，妈妈少吃辛辣刺激性食物。
生理性腹泻：少量多餐易消化饮食，母乳喂养的妈妈要清淡温热少量多餐易消化饮食，宝宝服用益生菌进行调理。病理性腹泻：考虑受凉引起。需要对症的抗感染输液治疗以及补充液体和电解质治疗为宜。注意卫生，血常规检查，大便常规检查以及血清电解质检查为宜。
新生儿腹泻引发大便带血需要到医院做检查，新生儿大便带血，最常见的原因是新生儿出血症，由维生素K缺乏引起，除大便带血外，还可以出现呕血，皮肤出血点和其他部位出血的表现，查凝血功能异常。
出现的腹泻及呕吐首先不能排除是肠胃炎的症状引起的，如果宝宝是母乳喂养很有可能与妈妈有关系的，如果妈妈期间生病，吃了药或者吃了辛辣等食物也会引起宝宝出现腹泻，呕吐等表现的，需要及时带宝宝就医先做个大便常规检查看看。
新生儿腹泻需要根据具体的病因进行治疗。
如果新生儿腹泻是由于腹部着凉导致的，可以通过毛巾热敷以及双手按摩的方式进行缓解，如果新生儿腹泻是由于局部感染导致的，就需要及时去医院做相关的检查，然后在医生的指导下服用抗感染类的药物治疗，以免延误最佳的治疗时机。
在恢复过程中父母也要注意观察新生儿的精神状态以及大便性状。