脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
可能会有头晕目眩、耳鸣耳聋、视物模糊、恶心呕吐、血压升高、口眼歪斜、面部麻木、吞咽困难、意识障碍、走路不稳、共济失调、复视、偏瘫、四肢瘫等症状，不同的人可能出现的症状不同。
脑干梗塞，属于脑梗死中的较危重类型，经过药物治疗与康复训练，最后可以达到生活自理，具体要看个人的病情。
部分人群常有患者遗留吞咽困难，饮水呛咳，偏瘫等后遗症，康复也较为困难，轻症的患者，多由于梗死灶较小，位置不是十分重要，可无明显的后遗症，但是在影像学上会留下软化灶，提示部分神经细胞已经坏死凋亡，所以这类患者的恢复，也仅仅是临床症状的恢复，不代表脑神经完全恢复如前。
建议到正规的医疗机构去就诊，务必在医生指导下，规范用药，预防再次发作。平时注意不要吃不容易消化的食物，饮食以清淡营养为主。
脑干梗死日常饮食中要制约摄入富含脂肪、胆固醇的食物，如：蛋黄、奶油、动物脑和内脏及各种精巧蛋糕和糖等。日常饮食宜选用低脂肪食物，如动物油、酸奶、豆类、鸡蛋蛋清、适量瘦肉、家禽、鱼类等，并注意增加维生素纤维的摄入，如各种蔬菜、瓜果、适量洋葱、大蒜、香茹、木耳等。平时要少吃盐，不要吸烟喝酒，少喝含糖的饮料。
脑干梗塞比较严重,比其他部位梗塞的危险更大。脑干是人体的生命中枢,有呼吸、心跳中枢。一旦脑干梗塞的发生面积比较大,容易导致患者出现脑干水肿,进而形成脑疝,导致患者的延髓被压迫,容易形成呼吸、心跳骤停,危害到患者的生命。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。