目前并没有最有效的治疗方法这类说法。但灰指甲患者的治疗多以药物治疗为主，只要坚持长期严格用药，通常是可以得到较好的治疗效果的。
灰指甲是因真菌感染诱发，故用药主要选用抗真菌感染药物。如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂，其所含成分能够帮助减轻甲下真菌的滋生，杀灭真菌，减轻甲部病变症状。同时，患者也可根据个人肝功能监测情况，配合抗真菌感染口服药物进行治疗。
在生活中，患者还应做好手足清洁，避免与他人共用物品，有助于降低继发感染风险，达到更好的治疗效果。
绝大多数灰指甲可以治好。常用的方法包括用小利刀刮除松脆病甲，或挫薄增厚的病甲，然后涂碘酒或冰醋酸溶液，也可把病甲浸于碘酒中，坚持治疗几个月后，即可生出新甲。不要吃辛辣刺激性的食物。
常用的方法包括用小利刀刮除松脆病甲，或挫薄增厚的病甲，然后涂碘酒或冰醋酸溶液，也可把病甲浸于碘酒或鹅掌风特效药中，坚持治疗几个月后，即可生出新甲。治疗严重的灰指甲，还要内服药物几个月。
灰指甲用抗真菌药最有效。灰指甲也就是甲癣，是真菌感染引起的，大多数灰指甲患者因为脚上的真菌扩散到指甲根部引起的，所以出现灰指甲的话一定要积极治疗脚气。灰指甲通常是口服药物，按着说明书的冲击疗法吃，也就是每日早两粒晚两粒，吃一周停三周是一个疗程，手上的灰指甲吃两个疗程，脚上的吃三个疗程。如果这个药对肝脏有一定影响，肝功异常或是抗拒吃口服药的话可以外用亮甲，这个药也得用2到3个月才能见效。见效以后原先的灰指甲不会变回来，但是新长出来的指甲是正常的，大约半年就会完全恢复正常。建议根据医生的医嘱用药。适当放松脚步，不穿不透气的鞋，注意补充高蛋白饮食，平常可以多吃点燕麦片和豆制品之类。
主要使用药物进行治疗，灰指甲主要是由于脚气或者手癣传染导致。平时也可以使用花椒水泡脚，也能够有效的预防和治疗真菌感染，还应该穿疏松透气的鞋子，这样有利于脚的健康。