一般情况下，药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的，属于正常的反应。
清宫手术的疼痛感主要是清宫时扩张宫腔带来的，在医疗器械进入宫腔内的刮宫过程也会疼痛，因此药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的。在采用无痛的清宫手术后，麻药药效过后，也会有轻微的疼痛感，但是一般在可以承受的范围内。
日常生活中女性要注意多休息，坚持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激的食物，有利于病情的恢复。
药流没有流干净有残留物，需要做清宫，清宫的时候不用麻药，疼痛可以忍受，清宫之后注意休息，注意保暖，不要着凉，不吃辛辣食物。流产(abortion)为妇科常见疾病，如处理不当或处理不及时，可能遗留生殖器官炎症，或因大出血而危害孕妇健康，甚至威胁生命;此外，流产易与妇科某些疾病混淆。妊娠于20周前终止，胎儿体重少于500克，称为流产(1966年世界卫生组织)。
如果想清宫的时候不疼的话，清宫可以选择无痛的在静脉麻醉下进行清宫手术，只需要睡一觉儿，术中是无痛的，手术结束后，子宫收缩因个人体质不一样可能有些疼痛。也可以适量的吃一些止痛的药物。
流产，清宫的时候是有疼痛的，但是流产后清宫这种疼痛都能忍受，一般术后一个月去医院复查，平时营养健康饮食，不要着凉，吃新鲜蔬菜和水果，补充维生素，忌食辛辣刺激性食物。
药物流产后出现肚子痛是正常的，因为孕囊排出后子宫会收缩，使子宫恢复到孕前状态。肚子疼可以通过吃一些促进子宫收缩的药物来促进宫腔内淤血排出，比如益母草颗粒、新生化颗粒等；还可以通常适当的腹部理疗，如腹部按摩理疗、热水袋热敷等方式缓解症状。必要时还可以喝红糖水，可以缓解疼痛，补充能量，促进术后患者身体的恢复。
通常来说，药物流产后肚子可能不会很疼，也可能会，具体情况因人而异。
药物流产的优点就是方法简单、疼痛感轻，不需要进行宫腔内操作，所以大多数情况下药物流产后肚子可能不会很疼。但因为药物流产的药物是空腹服用的，如果对胃肠道的刺激性比较明显，药物流产后肚子可能会有剧烈的疼痛，同时如果药物流产后出现感染，也可能会出现肚子疼的情况，建议注意复查妇科彩超。