手指甲盖凹凸不平常见由甲癣、缺乏维生素A等因素引起。
1、甲癣：手部卫生条件差就可能患有甲癣，该疾病容易导致病甲出现变形、浑浊、增厚、分离、变色等情况，所以可能表现为手指甲盖凹凸不平，可遵医嘱使用环吡酮胺乳膏、盐酸特比萘芬溶液等药物治疗。
2、缺乏维生素A：患者存在长期挑食的情况导致体内缺乏维生素A，便容易使得角质化减弱，导致指甲出现变软、变薄、易断裂、变形等症状，因此缺乏维生素A也可能造成手指甲盖凹凸不平，通常可适当多吃胡萝卜、菠菜、鸡蛋等富含维生素A的食物进行改善。
一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。
大拇指的指甲出现这种改变，多和甲床功能异常有关，也有真菌感染的可能，缺铁缺钙所致的指甲异常，多会包括所有的指甲的，可以到皮肤科检查看看，如果是真菌感染可以用药物治疗。
儿童指甲凹凸不平是营养缺乏，当宝宝存在铁缺乏时会出现反甲，指甲呈勺状，且指甲脆弱，平日有挑食、偏食、肉类食物摄入过少的习惯，如果存在低钙，指甲层竖条纹状，平时户外活动少、体格发育状况差，要及时带宝宝到医院进行微量元素检测。
指甲凹凸不平不排除是营养不良导致的，也可能是身体维生素缺乏A、钙质所致。平时要多吃些胡萝卜、动物内脏等来补充，还要多食用些优质蛋白质。如果还伴有指甲颜色异样，甲床变脆等症状，则也考虑是灰指甲的因素，需要去门诊做个真菌检查。
指甲凹凸不平可能与外伤、营养不良、银屑病、特殊行业等因素有关。
1、外伤：指甲局部受到外伤，属于一过性的损伤，可能会出现指甲不平的现象。
2、营养不良：另外如果身体缺乏微量元素以及缺乏必要的营养物质，造成了营业不良，也会导致指甲的凹凸不平。
3、银屑病：银屑病患者会出现指甲凹陷的特征。多由真菌引起的，真菌侵犯指甲部位后，指甲的表面开始感染，形成凹凸不平的改变。
4、特殊行业：特殊行业的人群，指甲长时间接触一些特殊的化学物质，也可能会造成指甲凹凸不平。