去除扁平疣有效的是只有极个别的长于脸上或身上的扁平疣，采用激光、冷冻等物理性治疗，直接去除即可。面积比较大，脸上、身上都有，而且超过20-30个，而且发痒，还在发展，这种情况下应该采取综合的治疗方法。
扁平疣确实有一定的复发几率的，此病是由于病毒感染引起的，存在着一定的复发几率，有很多人治疗扁平疣后没过多长时间，疣体会自行复发，对于扁平疣的治疗要除疣体，还要结合抗病毒的药物进行治疗。
扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，内用药物治疗多用于皮疹数目较多或久治不愈者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂。同时还应该注意饮食健康，不要吃太多油腻的食物。
去除扁平疣最有效的方法包括冷冻治疗以及激光手术治疗，也可以采取光动力疗法治疗。做光动力疗法的时候，会利用特定的波长在扁平疣的部位进行照射，利用光明药物将扁平疣部位的细胞组织进行破坏，通过身体的吞噬细胞将破坏的细胞组织清除，从而达到去除扁平疣的效果。并且也可以通过冷冻疗法或者是激光手术，将脚腕部位的扁平疣去除。脚腕部位的扁平疣经过光动力疗法治疗后，要保持局部皮肤的清洁卫生，不要抓挠局部的皮肤。
扁平疣个数少者可以外涂抗病毒软膏治疗，如果个数较多，受损皮肤面积较大，可以用皮下埋植自体免疫疗法治疗，可以根除。一般埋植后2个月会自行脱落，如果4个月不愈者，可以再埋植一次，还可以激光治疗。
