病毒疣一般指疣，一般是通过外用药物和物理疗法来进行治疗。
外用药一般是针对大面积的皮疹或者是难以进行物理治疗的，具体的用药和方法也会有所不同。维A酸软膏主要用于治疗扁平疣，对顽固性跖疣，平阳霉素、5-氟尿嘧啶注射液均能引起疣体萎缩、脱落。对于皮疹数量较小的患者，一般采用冷冻、电灼、刮除、激光等物理治疗。
病毒疣主要有药物治疗、冷冻治疗、微波治疗等。
1.药物治疗：咪奎莫特软膏、氟尿嘧啶软膏、水杨酸等都能治疗病毒疣。
2.冷冻疗法：用液态氮使疣体坏死脱落，治疗后会出现水疱，皮肤变色，一般在几天内就会消失。
3.微波疗法：使组织内分子快速运动、变化，产生摩擦，使机体组织在较小范围内产生高温，造成坏死，彻底清除病毒组织，减少复发。
建议患者在医生的指导下严格按照医生的嘱咐用药，不能盲目用药。
病毒疣治疗以消除皮损抗病毒或者是提高免疫力为主。物理治疗有CO2激光、液氮冷冻、电灼、微波等，但很难完全消除皮下病毒，复发率较高，费用相对也高。内外用于或者是中药汤药治疗，效果也不明确，作为辅助手段的治疗方法还是可以的。
病毒疣通常可以通过药物治疗、物理治疗等方法治疗。
如果确诊为病毒疣，病人可以在医生的指导下服用抗病毒药物、免疫调节药物，同时可以涂抹咪喹莫特、氟尿嘧啶等药物，还可以采用物理治疗，如液氮冷冻、激光烧灼等。
在治疗过程中，病人要注意日常护理，切忌抓挠患处，不要烫洗皮肤，建议饮食以清淡为主。
病毒疣如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物口服，如果是长在掌跖部位，数量较少，个体较大，可以用物理的去除的方法如：冷冻治疗、激光、微波治疗。如果是长在生殖器部位的病毒疣，很容易复发，就要系统和物理治疗。