HPV感染目前没有治疗的特效药，通常治疗的药物有人干扰素α2b栓和保妇康栓。
干扰素能够起到有效抗病毒的作用，还能够提高患者的免疫力。保妇康栓可以治疗HPV感染患者，帮助修复患者的阴道，使患者阴道内的环境恢复正常。这些药物主要以提高患者自身的免疫力为主，是缓和HPV感染效果比较好的方法。
HPV感染用局部免疫调节药物、细胞毒药物等进行治疗。
1.局部免疫调节药物：常用的局部免疫调节药物有干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏等，能够诱导体内的细胞因子，从而达到治疗的作用。
3.细胞毒药物：常见的有氟尿嘧啶等，具有抗RNA及DNA合成的作用，可以有效地治疗HPV感染引起的增生性皮损，但也会引起皮肤的色素沉淀。
如果没有血尿发热腰痛等症状，可短期服用消炎药三到五天，症状消失停药，如果没有则需住院抗生素治疗10-14天，诊断做一下尿常规，尿道分泌物细菌培养等相关检查。一定多饮水勤排尿，多吃蔬菜水果。
红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等都能起到很好的作用，常用于治疗衣原体感染。
此外，四环素、盐酸米诺环素、多西环素等也都能起到很好的作用，如果上述药物疗效一般，还可以口服喹诺酮类药物进行治疗，但是患者应注意，喹诺酮类药物对肝有一定的毒性，需要在医师的建议下服用，不要随意增减药物剂量。
HPV感染可给以免疫调节剂，以增强病人免疫功能，例如干扰素，咪喹莫特等，还可以给细胞毒药物氟尿嘧啶治疗。
患者平时应重视饮食和运动，患者在身体恢复期间要注意多吃新鲜的蔬菜和水果，比如南瓜、西红柿、菠菜、猕猴桃、火龙果、苹果等，能够促进身体的新陈代谢，增强身体免疫力。
生殖感染疾病建议使用广谱抗生，治生殖感染的药物一般有头孢菌素类、喹诺酮类、大环内酯类等。
1、头孢菌素类：该类药物有头孢拉定胶囊、头孢克洛胶囊等。
2、喹诺酮类：可以选择盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸环丙沙星片、诺氟沙星片等药物。
3、大环内酯类：常用的药物为红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等。