一般情况下，大拇指甲盖凹陷是系统性疾病、银屑病等原因导致的。具体情况分析如下：
大拇指甲盖凹陷的原因有很多，有些是系统性疾病导致的，比如严重的贫血、呼吸系统、心血管系统等，通常会导致指甲甲母质部位供血、供氧障碍，从而抑制甲母质细胞的功能，导致甲母质细胞功能受到抑制，形成凹陷，甚至出现倒甲，形成匙状的倒甲，这就是匙状的甲壳。还有一些是指甲周围的皮肤病，比如银屑病，会影响甲母质的功能，指甲上会出现很多点状的凹陷，称为顶针甲。甲板凹陷是甲真菌病和甲癣的病变。
一般情况下，大拇指甲盖凹凸不平可能是缺钙、甲癣等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：如果患者存在营养不足的情况，体内可能会缺钙，可能会对指甲的生长造成一定的影响，可能出现大拇指甲盖凹凸不平的情况。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗。
2.甲癣：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者大拇指甲盖凹凸不平，还可能变脆、发黄。患者应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬软膏等进行治疗，以免病情进一步发展。
随着年龄的增长指甲上可能会出现多发的纵纹，这种纵纹不伴有指甲质地的改变，也没有任何的自觉症状，都是一种生理现象。还有可能是甲营养不良，多是一些维生素或微量元素，吸收不良所导致的，多伴有甲质地的改变，指甲变得薄而且脆，缺乏光泽，远端容易断裂、分离。
灰指甲是真菌感染导致的疾病，多见于患有脚气等真菌感染性疾病的人，可以使用灰甲净，亮甲等药物进行治疗，也可以到医院皮肤科就诊检查，注意鞋袜的卫生消毒，保持脚部干燥。
如果刚出生的孩子出现大拇指内扣属于正常的生理现象，超过两个月的婴儿还出现大拇指内扣，多数考虑是由于孩子出生的过程中缺氧导致的，严重时会有轻微的脑瘫。
经常咬指甲的原因主要有：
1、由于行为习惯，特别是从小就有人啃自己的手。这是一种很不好的习惯，如果孩子小时候没有纠正过来，那么一旦养成了，就很难纠正了。这个时候要及时的制止，要主动的将自己的注意力从自己的注意力上转移到自己的身上，从而达到自己的目的。
2、有一种心理上的紧张和焦虑，不管是小孩，还是成年人，在紧张、焦虑的时候，都会有一些不自觉的行为，例如搓手、搓手、搓衣角、咬手、手指、手指的时候。如果出现紧张、焦虑、烦恼、抑郁等症状时，要及时对症处理。