建议检查微量元素是否是缺乏和是否是寄生虫感染，尤其是缺铁和缺锌的可能，当然寄生虫感染也可能导致缺铁和缺锌的可能的，针对性治疗才行的啊.如果是寄生虫感染首先应该是驱虫治疗。
指甲盖上有很多凹凸不平的小坑是有维生素缺乏，甲真菌病等指甲类疾病的可能，最有可能的就是指甲营养不良或者是灰指甲，甲营养不良表现为甲板变薄，或是出现甲纵纹、甲横纹、凹凸不平小点。
手指甲上有小坑多考虑有真菌感染，继续发展下去，指甲会出现灰指甲等真菌性甲藓。可以外用药，有脚气的话，早点治疗脚气，避免用手指甲接触有脚气的脚。避免吃辛辣油腻刺激性食物，不要吃海鲜和牛羊肉。
如果指甲上出现有很多小坑，凹凸不平，但是没有颜色的改变，没有瘙痒疼痛，应该是缺乏微量元素，由于平常营养不均衡引起的，可能还会出现身体免疫力下降，平常要多吃蔬菜水果，肉类和豆制品。
一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。
如果我们指甲凹凸不平有小坑那可能是因为身体素质比较差，或者是缺乏维生素引起的，平时要调整好生活和饮食，作息规律，不要熬夜，饮食搭配合理，多吃新鲜蔬菜水果，吃清淡温和的食物，不要偏食，不要吃辛辣刺激性的食物，保持心情舒畅，适当参加户外活动，增强体质。