皮损为红斑基础上可见成群的水疱或脓疱或成糜烂及溃疡。女性病人约90%伴有宫颈炎，宫颈可见发红、糜烂、溃疡，有脓性阴道分泌物。有的病人可有腹股沟淋巴结肿大压痛或体温升高。皮肤病变也可出现在口唇、手指、臀部、大腿、手臂，甚至眼部与咽喉。并发脑膜炎或横贯性脊髓炎，一般于发疹后3-12天出现颈项强直等颅内压增高的现象。
生殖器疱疹的早期可能会出现局部疼痛、瘙痒或者是针刺烧灼感，但是往往并不会持续很长时间，皮肤上会随即比较快的出现小水疱，呈簇状存在，出现水疱以后往往会在两天左右出现破溃，在水疱出现以后，会伴有剧烈的疼痛感。
生殖器疱疹的早期症状主要表现为瘙痒疼痛，有的时候有一定的脓液流出。必须进行及时的治疗，在临床上一般是通过抗病毒的药物来治疗。必要的忌口，对于生殖器疱疹来说是防止复发的必要条件。如常吃辛辣发物，抽烟饮酒都对康复不利，特别是饮酒可促使该病复发，加重该病的症状。
生殖器疱疹外生殖器或肛门周围有群簇或散在的小水疱，2～4天后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。初发生殖器疱疹初发生殖器疱疹分为原发性生殖器疱疹和非原发的初发生殖器疱疹。前者为第一次感染HSV而出现症状者为原发性生殖器疱疹。其病情相对严重。而部分病人既往有过HSV-1感染（主要为口唇或颜面疱疹）又再次感染HSV-2而出现生殖器疱疹的初次发作，为非原发的初发生殖器疱疹，其病情相对较轻。
生殖器疱疹从感染到发病一般为3-5天，患处先有烧灼感，然后出现红斑，继之在红斑的基础上发生多群红色丘疹，并感到热痒，不久即可变成小水庖，数日后水疱变为脓性，破后可形成糜烂，最后可结痂痊愈。整个病程15-20天。这是主要的生殖器疱疹的早期症状表现。