眼部扁平疣一般会自行愈合。
扁平疣是由病毒感染引起的，有传染性可自行接种，扁平疣有轻微的瘙痒，搔抓后再接触其它部位的皮肤，有可能出现新的疣体长出。患处擦维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏、病毒灵、异维A酸胶囊等。在治疗过程中要注意不能吃辛辣刺激性的食物，平时可以多吃一些清淡的食物，尽量不要去搔抓，要多运动，提高身体的免疫力。
需注意，眼部扁平疣一般持续1-3年，建议早期发现早治疗。
阴囊扁平疣一般能自愈。
这种病是一种具有自我修复能力的病毒性疾病。如果具有较高的免疫力，且病毒数目较少或毒性较弱，则有一定的自愈率。但也有复发的可能，在经过一些特殊的治疗后，病人的免疫力会降低，病毒的数量会增加，毒性也会增加，所以复发的几率很大。
阴囊扁平疣属于病毒感染，如果是在发育阶段，一不小心就会出现更多的情况，一开始是一两个，然后是整张脸，再是手背、手臂，乃至整个身体。
一般来讲，扁平疣是由病毒感染引起的，人体免疫力高的情况下可以自行愈合，一般需要1-2年的时间。当快要愈合时，扁平疣会缩小，颜色变成深褐色，然后慢慢消退。扁平疣上长出水泡，并不代表自己痊愈，这是病情恶化的表现。最好是去医院进行激光治疗，避免用手搔抓疣体，避免在接触后用清水冲洗双手，避免自身感染。平时要避免食用辛辣的鱼虾等刺激性的食物，平时的饮食要以清淡为主。
自愈性的可能性是不大的。而且它的传染性很强，如果没有及时的治好就有可能会传染到其他的位置，所以建议在医生的指导下选择一些抗病毒的药物治疗，患者可以去医院做激光冷冻等治疗。
自愈前征兆有，扁平疣的皮损渐渐的缩小、干枯、表面起屑，然后脱屑，慢慢的皮损去除，留下淡褐色的色素斑。另种就是皮损部位的数量短期内突然增多，皮损的表面发红、肿胀，然后有瘙痒或者是比较剧烈的瘙痒。这种现象说明扁平疣大概离全部脱落的时间已经不远了，一般一周左右的时间就可以自愈了。