首先要采取抗真菌的药物来进行治疗，常见的治疗方法包括外用药、口服药物、手术治疗等。外用药物包括外涂一些抗真菌的药物，他的效果是比较差的，因为这种外用药物很难渗透指甲的角质层很难达到彻底杀灭真菌的作用。
想要治疗灰指甲首先需要真菌化验确诊为真菌感染后治疗，常见的治疗方法为口服抗真菌药物，由于此类药物对肝脏有损伤，所以治疗前需化验肝功无异常，治疗过程中需监测肝功能。
灰指甲的发生与真菌感染有关，因此建议患者选用抗真菌药物进行治疗，配合生活护理综合改善病情。
灰指甲是由真菌感染甲板或甲床所致的甲部病变，医学上叫做甲癣或甲真菌病，绝大多数患者通过外用抗真菌药物即可得到改善，如亮甲复方聚维酮碘搽剂，该药所含的聚维酮碘和阿司匹林成分，不仅可杀菌抑菌，同时还能消炎止痒，改善灰指甲引起的不适症状。如果患者症状比较严重，出现了甲板脱落、萎缩等情况，则建议在外用抗真菌药物的同时，与口服抗真菌药物，如特比萘芬、氟康唑等进行联合治疗，可较为显著的改善灰指甲。
在日常护理方面，灰指甲患者需注意保持指（趾）甲清洁，勤剪指（趾）甲，平时尽量不要与他人共用私人物品，以免引起交叉感染。
外用药物可以有一定的疗效，但疗程长，要有长期坚持治疗的耐心，手指甲有灰指甲一般外用药物最少三个月。想治好灰指甲可以采用外用加内服的办法，用药一周休息三周为一个疗程。一般需要3个疗程。用药期间密切监测肝功能。
治疗灰指甲通常需选用抗真菌药物来进行。因指（趾）甲生长较慢，角质层比较厚，治疗时间会比较长，因此治疗时一定要保持耐心，足疗程规范用药。
若患者指（趾）甲出现不规则变形的表现，一般需在用药前将变形的指（趾）甲修挫掉，再外用抗真菌药物，如亮甲复方聚维酮碘搽剂。亮甲是治疗灰指甲的专用药，所含聚维酮碘、阿司匹林等成分可起到杀灭甲下真菌、抑制真菌再生、消炎止痒、加快药物渗透的作用，患者可按疗程并足量用药，能较显著地改善指甲变形、变色、翘起、糟碎、脱落等症状。不过需注意，如患者有多个指（趾）甲都已出现病变，则可在外用药物的同时，遵医嘱与口服抗真菌药物搭配治疗，如特比萘芬、伊曲康唑等。
由于灰指甲治疗周期较长，故用药方面需注意规范，不建议患者采用民间偏方或土方治疗，可能会加重病情或延长治疗时间，对患者的健康造成损害。