灰指甲的检查主要是真菌的检查，通常会取病甲的甲表面、甲下碎屑、甲组织进行真菌镜检，看是否存在菌丝，以确诊灰指甲；为了确定致病菌种则需要将这些甲组织进行培养，确定菌种；另外如果怀疑其他疾病，比如黑色素细胞瘤引起的甲病变，则可以做其他检查，例如B超等。
灰指甲检查通常不用抽血化验。灰指甲医学上称甲癣，致病菌主要是红色毛癣菌，其次是絮状表皮菌多由于浴池，毛巾等在公共场所间接接触传染，先从一个甲面开始，逐渐发展其他甲面与甲下，临床表现为甲板增厚，甲面粗糙不平，中空或与甲床分离，即可合并甲沟炎。
可以做直接镜检，对病灶部位的甲屑进行刮取，对其进行检测，若是反复呈现阴性，待甲板部位变软之后，将其压碎进行镜检，可发现甲板中存在有真菌菌丝孢子。该项检查仅能确定存在感染，但是对于具体的真菌感染类型无法确诊。因此若是想要对真菌类型进行具体的检查。
具体是不是灰指甲，需要到医院做检查化验。灰指甲是一种皮肤真菌感染导致的，又叫做甲藓。到医院做检查治疗，在感染上灰指甲时指甲会发黄，不规则脱屑，变形，增厚的症状出现，如果确诊，可以使用药物治疗。
直接镜检。可剪除病甲，浸泡于20%KOH中，待甲板部位变软之后，将其压碎进行镜检，可发现甲板中存在有真菌菌丝孢子。该项检查仅能确定存在感染，但是对于具体的真菌感染类型无法确诊。因此若是想要对真菌类型进行具体的分析确诊，还需要进行更为详细的检查，常见如病理性检查等。