主要是湿热邪毒外侵以及正虚邪恋所致由于房事不洁或间接接触污秽之物品、湿热淫毒从外侵入外阴皮肤粘膜、导致肝经郁热、气血不和、湿热毒邪搏结而成疣体湿毒为阴邪、其性粘滞、缠绵难去同时更易于耗伤正气、致肌体正气难复。
主要是由于不洁性生活史造成的，比如有多个性伴侣，伴侣中存在性病毒感染或携带性病毒者等，均会导致感染这一病毒。还有一些人群是由于先天因素造成的，比如在被顺产的过程中，可能会由母体所传播。
肛门疣病的原因，肛门尖锐湿疣发病的原因有：性行为、免疫功能、年龄和性别、吸烟、饮酒、避孕措施、婚姻妊娠状况以及患有其他性病。传染性软疣的发病原因有：该病可通过共用浴巾、浴池、自体抓痒引起，甚至可以集体发病。
肛门疣为临床常见的皮肤病，根据病因和临床表现可分为肛门尖锐湿沈，传染性软疣和扁平疣。肛门尖锐湿疣，扁平疣是人乳头瘤病毒所致，传染性软疣则为痘疮病毒所致。病毒在棘层细胞内，可使棘层细胞增生。能自身接种扩散，潜伏期约六个月至一年。
外在原因可能与创面不透气、潮湿、易感染以及在行走和活动时容易受到摩擦损伤有关。具体来说，肛门尖锐湿疣主要病因：容易造成肛门尖锐湿疣的主要病因，痔疮经常发作、大便干燥、尤其是有肛交行为，肛门内尖锐湿疣发生的几率会比普通高一些。痔疮的发作会降低局部皮肤的抗菌能力，增加尖锐湿疣的感染机会。