扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
一般情况下，扁平疣是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病。具体内容如下：
不注意个人卫生、病毒感染等原因可能导致患者出现扁平疣，这是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病，患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用维A酸乳膏、重组人a-2b干扰素乳膏等药物进行治疗，如果情况严重，还可以前往正规医院，通过液氮冷冻、激光烧灼来治疗。
治疗扁平疣，如果手上出现了几个疙瘩，有可能是由于不注意清洁卫生导致感染病毒，也有可能会传染，有可能是手上的皮肤触摸到脸上，所以会导致脸上也有生长，也可以做激光消除，谨遵医嘱用药。
是由人乳头状瘤病毒（HPV）感染引起的，好发于青少年的病毒感染性疾病。临床表现为皮色或粉红色的扁平丘疹，多见于面部和手背，无明显的自觉症状，病程慢性。可通过直接或间接的接触传染。
不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。
男性有扁平疣的表现扁平隆起的小疙瘩。
扁平疣是人乳头瘤病毒3型感染导致的扁平状良性赘生物，其特点为粟粒至绿豆大小，多为正常肤色、灰白色、淡褐色，形状呈圆形、椭圆形、不规则形等。建议患者在医生的指导下使用重组人干扰素α-2b凝胶、水杨酸软膏等药物进行治疗。
治疗期间，要注意个人卫生，勤清洗，选择清淡易消化的食物，低盐低油，避免辛辣刺激性的食物和饮料。