原发性生殖器疱疹的治疗主要采用抗病毒治疗，治疗的目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等，目前的治疗方法尚不能达到彻底清除病毒、消除复发的效果。可以使用一些药物。
妊娠合并生殖器疱疹的治疗方法一般有局部用药、全身用药等，具体内容如下：
1.通过局部用药可以保护疱疹的粘膜，使用生理盐水清洗阴道，使其干净、乾净。用甲紫溶液或阿昔洛韦乳膏或乳霜涂抹于病变部位，或使用酞丁安软膏。如果有明显的痛楚，可以在局部应用盐酸利多卡因软膏或口服镇痛药物，也可以将奥平的栓剂放入阴道。
2.全身用药一般建议口服阿昔韦，反复发作者应长期口服。怀孕期间要按照医生的指示服用。阿昔洛韦治出现任何其它不良反应，通常只是暂时降低嗜血因子引起的。
生殖器疱疹是性病，但是性交传播不是唯一途径，皮肤粘膜之间密切接触也可能相互传染。如果与皮肤发生溃烂的生殖器疱疹病人接触，都可能会被传染上生殖器疱疹。生殖器疱疹的传播方式是多样的，因此对于生殖器疱疹男性朋友一定要多多注意，做好预防生殖器疱疹的措施，避免性滥交，注意生活卫生，避免与生殖器疱疹病人有过密的接触。
怀孕初期感染原发性生殖器疱疹需要，去正规的医院做相关的化验，进一步检查。让专业的大夫看病情确定治疗方案。需要积极的配合治疗。还需要保证用药的安全性。不要伤及腹中胎儿。
生殖器疱疹是一种很常见的性传播疾病，它的治疗主要是进行抗病毒治疗，因为它是病毒感染的疾病，通过口服抗病毒的药物进行治疗，可以将疾病治好，不过这种疾病是短期好治，长期不容易，所以要早发现早治疗。
生殖器疱疹的潜伏期是一般为三天到两周左右，而第一次发作的时候，属于原发性生殖器疱疹，相对来说病情比较严重一些，外生殖器或肛门周围有成群或者散发的多个、单个小水疱，慢慢会结痂，整个发病过程，一般时间要1-3周左右。