主要采用以下方法进行治疗：一是口服抗生素，二是口服免疫调节剂，因为头皮毛囊炎在机体免疫力低下时，容易反复发作，可以使用口服液；三是口服中成药治疗，四是手术治疗，不会毛囊炎比较严重，形成囊肿，要采用手术的方法切开引流。
毛囊有没有萎缩是要通过专业仪器检查过才能确定的，像现在的情况建议到专业治疗脱发的医院检查出原因对症治疗，如果毛囊没有坏死药物治疗就可以了，毛囊坏死是可以植发的。
头发毛囊萎缩了需要对头皮进行适当的按摩，或者是选择毛发移植术进行改善。头发毛囊萎缩是由于毛囊部位出现炎症引起的现象，需要及时到皮肤科进行皮肤镜以及组织病理学检查，也可以在医师指导下适当的擦拭糖皮质激素药物控制病情，而当患者出现了严重脱发，则需要选择自身枕后健康的毛囊进行移植，有利于毛发的恢复。毛发移植后需要适当的休息，还需要注意伤口部位的愈合，避免毛囊健康受到影响。
头发毛囊浅可以留短发，长发要保持头发柔顺，避免打结，梳头时扯头发，平时饮食多食富含维生素类食物。头皮毛囊浅和遗传有关。由于新陈代谢，每个人都会有脱发，只要每天掉头发不超过50根都属正常，尤其是秋天，脱发会更加明显。平时要多补充维生素。
头发毛囊的阻塞会引起脱发，头发干枯、瘙痒等问题。毛发堵塞的原因更多的是角质层过厚，可以使用药物进行及时的去除角质层，打开毛囊。另一方面，在日常生活中，尽量避免辛辣刺激的饮食，避免过度的手淫。
头皮毛囊堵塞可能会引起脂溢性皮炎，可以选择药物进行治疗。头皮毛囊堵塞，毛囊吸收营养的功能减退。发质软细，头皮变黄是毛囊开始萎缩的症状。应该及时去正规医美机构进行检查，在医生的指导下选择使用外用的药物，比如说选择使用抗过敏外用的药物来改善症状，或者是配合使用外用的药物，可以有效的软化整个毛囊角栓，然后通过自身新陈代谢的方式改善阻塞。建议求美者平时多吃些蔬菜水果，多做些户外运动，缓解压力，注意作息规律，逐渐就会缓解。
