扁平疣主要危害是影响美观。
部分病人因为HPV十六、十八型感染，后期出现鳞状细胞癌可能性比较高，如果扁平疣已经确诊，建议积极处置，尽快祛除疣体，并且要进行HPV的病毒分形，判断何种类型的病毒，如HPV六型、八型，此种情况发生鳞状细胞癌的几率比较低。
建议患者可以采取冷冻、激光或者局部涂药的方式来去除，疗效都是不错的。平时注意饮食，避免辛辣刺激的食物。
通常情况下，扁平疣有以下危害：
1.传染给他人，影响个人形象，产生自卑心理。扁平疣具有传染性，最大的危害在于可以通过直接或间接的接触而传染给他人。2.对于发生在面部的扁平疣会影响到患者的容貌，进而对患者的心理产生一定的负面影响，影响日常生活和工作，容易产生自卑心理。
建议发现扁平疣要及时治疗，治疗方法包括冷冻疗法、激光祛扁平疣等。
扁平疣对身体不会有太大伤害，具体分析如下：
1.乳头瘤病毒感染会导致扁平疣。人乳头瘤病毒是嗜上皮的，因此，扁平疣只会出现在皮肤表层，而不会出现在血液里。
2.乳头瘤病毒是通过与病人的病变皮肤直接接触，或者是接触到了病人的污染物质，不会通过呼吸和饮食传播。所以扁平疣不会对人体造成太大的伤害。
3.扁平疣是一种比较常见的疾病，它好发于面部、手背等暴露部位，对人体的美观有很大的影响，是具有一定的传染性的皮肤病，但通常不会带来伤害。
腋下长扁平疣并没有什么危害。
大部分扁平疣对身体健康的影响很小，主要是在美观方面的影响。但是需要注意的是扁平疣属于病毒感染，病情的轻重和患者自身的免疫力息息相关，如果患者的扁平疣久治不愈或反复发作，也是间接提示患者的身体素质比较差、整体健康状况不佳的信号，可以去医院做系统的体检排查其他疾病，比如病毒性肝炎、HIV等。
建议在生活上要注意休息、适当锻炼，提高自身的抵抗力，不和他人共用毛巾、脸盆等生活用品。
扁平疣会导致色素的沉淀以及传染。
扁平疣是人乳头瘤病毒感染引起的传染性皮肤病,具有传染性。HPV病毒有嗜表皮性,所以扁平疣主要发于皮肤和黏膜部位,一般对身体健康基本没有影响。扁平疣的危害主要在于:影响美观和传染。扁平疣具有传染性,可通过间接或直接接触传染给家人。
避免局部的扣抓刺激，保持心情、压力、情绪稳定。适当锻炼身体，使用调节免疫功能的药。
扁平疣对导致色素沉淀。
扁平疣主要好发于颜面,还有手背以及前臂,可以表现为米粒或者是黄豆大小的扁平样丘疹,可以为皮肤的颜色或者是褐色可以长时间不消退,容易导致色素沉着。坏处是扁平疣可以导致直接或者是间接的传播。
建议出现扁平疣之后,要避免接触,互相亲吻等密切的动作，这样可以使患者不传染,也能尽快的恢复。