最严重的灰指甲,在治疗上应当口服结合外用抗真菌药物,这样可以缩短病程、增加疗效。患者可以口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物。一旦病情变得严重或者复杂，则应当及时治疗相应的并发症，比如女性如果因为感染真菌引起真菌性阴道炎，则应及时使用内服抗真菌药物及外洗法治疗阴道炎。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
小孩灰指甲是由真菌感染引起的，是由指甲与甲小皮的连接处引起的。小孩灰指甲一般不适合治疗，因为服用治疗灰指甲的药物会对肝脏造成一定的刺激，如果给小孩服用了，会影响到小孩的成长和身体健康，可以使用硝酸舍他康唑乳膏或足光散浸泡脚部，这样可以起到一定的抑制作用。当小孩年龄超过16岁时，可以服用特比萘芬片或伊曲康唑片，持续服用3-6个月后，灰指甲的变化就会消失。
出现灰指甲是真菌感染导致的疾病，多见于患有脚气等真菌感染性疾病的人，可以使用灰甲净，亮甲等药物进行治疗，另外如果有脚气，需要同时治疗，使用对症的药物进行治疗，注意脚部卫生，保持脚部干燥，注意鞋袜的卫生消毒。
严重灰指甲可以使用指甲锉去除病甲，外用药物消毒，直到新甲生成，同时还需要外用抗真菌软膏，严重还需要口服抗真菌药物，灰指甲的原因是由于真菌的不断繁殖感染引起的，因此应采用杀真菌的方法进行治疗。在治疗一周左右后会有显著改善。为了治好甲真菌病，有必要坚持服药和护理。
对于重型的灰指甲，单纯外用药物很难治，还是找医生规律治疗具体疗程和用药方法请问医生，很有专业特点的，请不要自己乱治，以防病情加重，但是冬季治疗效果比夏天治疗差，所以可以选择夏天开始治疗。