生殖器疱疹大多发生在皮肤和黏膜的交界处。首先，局部皮肤微微发红，然后会发出针尖大小的一簇簇小水泡。它有轻微的瘙痒和烧灼感。几天后，它变干并形成棕色结痂。结痂脱落后，有轻微的色素沉着，但也很快消失。整个病程平均为一周，但它经常复发。
男性生殖器疱疹的病人所表现出来的症状比女性生殖器疱疹的病人明显。多数是在感染病菌后两天到十天以内，就会出现难以忍受的不舒服的症状。男性生殖器疱疹的症状多数发生在龟头、尿道口、冠状沟、阴茎、阴囊等部位，先有灼热感，然后产生群丘疹，有些是一簇，有些是多簇，然后慢慢的形成水疱。时候如果不及时地治疗，几天之后就会转变成脓疱，破了后形成糜烂患者溃疡。感觉疼痛，两到三周后结痂。
生殖器疱疹在发病初期患部有烧灼疼痛感，出现水疱和溃疡，生殖器疱疹久治不愈对人的免疫系统有一定的损害，也会给心理带来影响，但是是可以治疗的，治疗生殖疱疹用中医中药科学地进行抗病毒，抗免疫的治疗才能使得治疗不复发。
一般的情况下症状是患者的阴部或者是肛周长水疱，而且有疼痛，发热、头痛、乏力等。本病会出现瘙痒、疼痛，还可因抓挠引起皮肤破溃，继而发生感染。反复发作还会引起抑郁、烦躁等，增加心理负担。
生殖器疱疹的典型表现多为集簇性小水疱并很快破溃形成糜烂或浅表溃疡，好发于阴唇、包皮和肛周，不典型表现为非特异性局限性红斑、从部位看可见于阴阜臀部等处。
