阴茎短小的原因有，发育与营养状况。与男性朋友自身的发育与营养状况有关系。与遗传因素，药物因素的影响也有关系。同时也有与其他因素有关。男性激素水平不足、内分泌紊乱、阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎“回缩”，肥胖以及烧伤、外伤等。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
根据孩子的症状，应该属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于孩子现在的情况，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，你家孩子要合理喂养，适当的补充维生素D。
性生活时间只要不低于二分钟就是正常的，阴茎短小没有什么药物可以治疗。阴茎大小存在个体差异。勃起后长8-16cm，自然状态下长3-5cm，如果勃起小于8厘米，疲软小于3厘米就属于阴茎短小。18周岁生殖器就发育成熟了。如不满意，阴茎延长术是实现成年人阴茎延长的方法，只有手术来治疗。