引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
根据孩子的症状，应该属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于孩子现在的情况，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，你家孩子要合理喂养，适当的补充维生素D。
遗传，男性的阴茎就跟身体其他的器官一样，其大小还有形态特点等都会受到遗传基因的控制跟影响。肥胖，一些耻骨联合部、还有会阴部脂肪比较丰满突出的男性，往往阴茎部位的发育也不是很好。
一般情况下，引起阴茎短小的原因主要是先天性的发育不良，包括包茎、隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。这种情况多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病的患者。如果是隐匿性阴茎和包颈，可以通过做手术治疗使阴茎增大增长的。如果存在海绵体萎缩的情况，通过阴茎血流多普勒的检查可以明确诊断，然后口服11酸睾酮胶囊，红景天胶囊促进海绵体的生长，可以使阴茎增大。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。