畸形精子的治疗可以采用西医的方法，也可以采用中医的方法，采用中西医结合进行治疗，可能会有不错的治疗效果，男性病人不要过于着急，应该持续的进行治疗，治疗畸形精子所造成的不育症，要根据引发畸形精子的原因，消除畸形精子产生的不好的因素(如：药物、放射线、高温和酒等)，明确病因在进行有针对性的治疗。此外还要注意，若畸形精子达到了总数的70%，就需要进行染色体检查，万一有染色体病，治疗会比较困难。
治疗精子畸形可以考虑服用药物，改变生活习惯，减少有毒有害物质接触。要调整生活习惯，每天充足的休息，不能熬夜，忌掉抽烟喝酒以及远离辐射环境。平时加强体育锻炼，增强身体免疫力，可以使精子畸形得到改善。
睾丸是产生精子的场所，大量畸形精子表示睾丸有异常。常见原因有服用某些药物、精索静脉曲张、生殖系感染等。酒精、烟草、慢性中毒等也是引起精子畸形的重要原因。建议到正规医院男科，通过男科检查、精液分析、前列腺液及衣原体支原体检查、免疫学检查、精浆生化检查、阴囊彩超等查找致畸原因，针对病因制定治疗方案。
畸形精子症是由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，应考虑手术治疗。畸形精子症的治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素(药物、放射线、高温、酒等)，针对病因进行治疗。畸形精子如超过70，应进行染色体检查。
正常人的精液中也是含有畸形的精子的，一般比例少于30%，如果畸形精子的所占的百分比高于50%就成为高畸形率精子，可能会影响男性的生育。对于有畸形精子情况的朋友来说，还是要先检查清楚自己的问题，解决清楚后，再考虑是不是要进行受孕。