肾脓肿根据病情选择治疗，肾囊肿如果不及时治疗就有可能囊壁纤维化。小的囊肿用中医肾囊消肿方，大的囊肿超过6公分的就要手术治疗的了。从中医角度来看，肾囊肿就是肾脏上长的小水泡，是很普遍的。
肾脓肿需要去泌尿外科进行药物的对症处理，如果使用了敏感的、高效的药物，可以在一个星期内缓慢的消失，从而得到完全的治愈。
积极治疗一星期以后，抗生素的应用依然没有任何作用，脓肿没有消失，也没有继续扩张，蔓延，会引起发烧，寒战等症状，这是因为保守疗法不管用，需要更换抗生素，还要做B超和CT引导下的抽吸引流，这样才能将脓液从脓腔内排出，并且在初期应用一些抗生素。
肾脓肿治疗7至10天，患者需要积极进行对症治疗。
脓肿的大小和处理方法是密切相关的，脓肿早期可以在7-10天内得到控制。肾脓肿是由多个小脓肿组成的，随着时间的推移，会逐渐增大和合并，最终会变成一个巨大的肾盂，表现为腰部酸痛、怕冷、发烧。临床上会有高烧的表现，主要表现为：金黄色葡萄球菌。建议选择使用三代头孢菌素，如使用抗生素后仍无改善，建议在B超和CT指导下进行脓肿穿刺引流。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
可以治疗好。治疗方法有：手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，它切掉大部分囊壁，抽掉囊液。