肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
肾脓肿的治疗费用在1万-3万元左右，肾囊肿的手术费用不可一概而论，因为各个地区、各个医院的收费标准不一样，没有固定的数值。但一般而言，肾囊肿手术都是采用微创的手术方法，需要通过腹腔镜手术，行腹腔镜下的肾囊肿去顶减压术。这种微创手术费用一般比较高，在二甲医院一般在1万元左右，三甲医院费用可能更高一些，在1-2万元左右。肾囊肿最大径超过5cm的时候，应该到医院就诊，进行手术治疗。
药物治疗结合早期的引流。传统的治疗提倡切开脓肿引流，在超声或CT引导下经皮穿刺安置适当大小的引流管也可以。如经皮引流无效时，必须及时切开引流或作肾切除术。对于肾周脓肿来说，仅用抗生素治疗是不够的。
肾囊肿饮食应忌辛辣刺激类：如辣椒等；忌酒类、吸烟包括被动吸烟；忌巧克力、咖啡、海鱼、虾、蟹等发物；忌过咸的食物，如大豆、豆腐、以及其他豆类制品。适当的锻炼身体以增强体质。饮食上要少喝酒及刺激性、高脂肪的食物。
肾脓肿是否严重，需要根据泌尿系彩超或者泌尿系ct和的全身症状来进行综合判断。如果有严重发烧、寒战，说明脓肿播散甚至引起菌血症或者毒血症以及通过ct判断脓肿的位置大小。