造成性功能障碍的原因大致可以分成三类：生物因素、精神心理因素和文化因素。生物因素性功能障碍可能由遗传、健康状况、激素水平、年龄、疾病（包括慢性病、神经精神系统疾患、内分泌疾病、生殖器官病变）等多种原因所引起。药物、长期大量酗酒或吸毒者，也会出现性功能障碍。
男性性功能障碍可能是海绵窦血管的功能受损、心理因素、早泄等原因导致的，具体分析如下：
男性性功能障碍的主要症状是阴茎勃起功能障碍和阳痿，海绵窦血管的功能损害是导致性功能障碍的原因之一，同时也要考虑到心理因素，PDE5抑制剂可以用于治疗。还有一种是早泄，这是由于阴茎头的敏感，或是由于射精的传入神经过于激动，所以可以外用局部麻醉药物，也可以口服5-羟色胺再摄取抑制剂达泊西汀。
性功能障碍疼多考虑是由于激素水平下降或阴茎海绵体充血障碍而引起的这种表现。另外与自身的体质、不良的生活习惯、生殖器疾病、药物刺激、体内的性激素水平等因素有关系。
女性性功能障碍可能是社会心理因素、激素水平波动等原因导致的，具体分析如下：
1、社会心理因素，女人经常会因为工作、照顾自己的家人，或者是没有得到足够的关心，而情绪低落，出现性功能障碍。
2、激素水平波动，女人到了中年，尤其是到了绝经期，体内的雌性激素会迅速的降低，同时阴道周围的上皮也会出现萎缩，这种情况很可能会影响到性功能。
导致性功能障碍的病因很多，如频繁性交，吸烟，包皮过长，前列腺炎等都会引起，早泄如果没有及时的治疗，会严重挫伤男人的自信和自尊心，或影响到双方的感情，同时也会影响到正常的生育和诱发阳痿，病因不同治疗方法也不一样，建议及时去正规医院检查，对症治疗。
性功能障碍常见的病因有很多，包括有遗传、身体健康状况、年龄、疾病、药物、精神心理因素等，例如：器质性疾病高血压病或糖尿病，都会引起功能性的障碍。高血压病人，通常服用降血压药物，可能会引起勃起功能障碍。