有的，会影响其发育，导致生育功能失调。隐匿性阴茎其原因是多方面的，阴茎皮肤发育不良，过短；包皮腔过小；阴茎皮肤没有包着阴茎海绵体，导致阴茎海绵体无支撑而回缩体内。
隐匿性阴茎指的是发育正常的阴茎，由于各种原因导致阴茎头不能外露。
当它处于疲软状态时，大部分阴茎海绵体都隐藏在阴腹区和下腹区的脂肪中，很少能在体表看到，包皮是一种空虚的状态，常伴有包茎和包皮外口狭窄。阴茎勃起时，阴茎的长度和直径与正常成人接近，根据病因可分为隐匿阴茎、埋藏阴茎和限制阴茎。患者通常可以通过手术方式，缓解临床症状。
阴茎的大小跟遗传，体质等因素有关，如果阴茎勃起后长度超过8厘米，一般不会影响性生活，性生活的质量主要取决于性技巧及性经验，跟阴茎大小关系不大。如果阴茎勃起后长度不足8厘米，且难以进行性生活，建议到当地三甲的男性科就诊，必要时可进行手术治疗，不要到私立男科医院就诊，以免上当受骗。
可以通过手术矫正，隐匿性阴茎治疗主要包括观察等待和手术矫正。肥胖儿隐匿性阴茎经减肥可明显改善。对于青春期以后仍无明显好转的隐匿性阴茎可以行手术矫正。
隐匿性阴茎是一种发育先天所造成的问题，如果不通过手术的方法是很难自动长好的，但是由于宝宝目前还小，所以可以暂时密切观察，也有可能是由于腹部脂肪过多过厚而造成的假象。是否为隐匿性阴茎，需要经过检查才可以得知，可以到当地正规公立医院泌尿外科或儿科检查。
通常情况下，隐匿性阴茎患者做隐匿性阴茎手术的费用在1万块钱到2万块钱左右。具体情况分析如下：
隐匿性阴茎是指阴茎体外观短小，几乎完全藏于耻骨前软组织内，但阴茎实际长度与同龄儿相比并不短的一种异常情况。隐匿性阴茎患者的主要临床表现为阴茎外观短小，排尿时出现包皮鼓胀，或伴有排尿困难。临床上隐匿性阴茎患者做隐匿性阴茎手术的费用在1万块钱到2万块钱左右。
患者配合治疗的同时，还应注意休养，避免劳累，注意保暖，多喝热水，多食用清淡的高蛋白食物，促进身体恢复的同时，还能提高免疫力。