可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，如果引流不畅或者脓液较稠以及有多个分隔，必要时可以进行腹腔镜下肾脓肿切开引流，达到彻底清创的目的；采用微化中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流脓液，引流的同时，再配合抗生素使用，可以加速脓肿的吸收；腹腔镜下肾脏囊肿去顶减压手术，手术创伤小、恢复快。另外，如果是不能耐受手术治疗的患者可以采用囊肿穿刺抽液治疗。
肾脓肿的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗，疗程通常要半年以上，需要配合做引流治疗，治好后，多不会复发。另外平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗。切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。