生物电反馈治疗，利用生物电刺激盆底肌群，提高盆底及其周围肌群组织细胞的活力，改善局部血液循环，增加病灶组织的新陈代谢，加速炎性渗出物的吸收、消散。药物治疗，消炎药物来进行治疗，改善目前情况和症状物理治疗。
病因处理，如果是受到感染而引起的疼痛，可以用抗生素进行治疗，或者抗菌消炎，如果是受到刺激导致的疼痛，充分的休息可以使得症状得到减轻；局部处理，局部用清水冲洗可都是涂抹一些止痛类的药膏，可以起到降低烧灼感及降低疼痛的效果。
各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
阴茎痛要针对引起阴茎疼痛的原发疾病进行治疗。如果由于阴茎感染引起疼痛，可以用抗生素进行治疗。如果因为受到刺激导致阴茎疼痛，只要充分休息就可使症状缓解。阴茎疼痛主要指阴茎表面或内部疼痛，有些男性在第一次性交后会感到阴茎疼痛，可能是阴茎在勃起后大量充血，血液回流不充分，造成性交后阴茎短时间胀痛。
可出现糜烂及溃疡，并且具有带有特殊气味的黄色脓性分泌物。严重者可发生阴茎头坏死。部分患者在急性期后出现尿道粘连和狭窄，导致排尿困难。反复感染可使阴茎或包皮的头部变厚。由于长期刺激包皮垢，阴茎头也可能发生阴茎癌。