尿频阴茎底部有点疼可能是因为阴茎内部有炎症，也有可能是因为尿道炎，前列腺炎等疾病导致的。阴茎是男性重要的外生殖器官，前列腺和阴茎根部相连，所以当前列腺腺体有炎症的时候，会导致阴茎出现疼痛的现象。另外尿道从阴茎内部通过，尿道出现炎症充血改变的时候，也会出现阴茎里面有点疼痛的现象。
一般情况下，小便疼、尿频繁可能是多种原因引起的，具体内容如下：
如果出现小便疼、尿频繁的情况，有很大的可能是泌尿系统感染。需要做尿检，检查尿液中的白细胞和亚硝酸盐含量。如果是泌尿系统的炎症，可以服用一些抗生素，比如服用氟哌酸、奎诺酮类等药物，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
很有可能是与盆腔炎有关系，还有就是膀胱也不太好。同时也说明肾功能也不是很好。尿频腰痛临床上常见于肾输尿管结石，主要是由于结石刺激尿路粘膜引起的，通常来说对于结石引起的腰痛一般有以下的方法进行治疗。
如果是儿童的时候出现尿频、腰痛等症状，需要去正规的医院进行B超和检查，确定确诊后，再配合医生进行处理。
儿童尿频腰疼临证者要区分表内虚、虚、寒、热。大部分由外邪所引起的症状多属表虚，发病突然，治疗应以湿热、寒湿为基础，以辨证论治。肾精不足所导致的症状多属里虚，多见于长期反复的慢性疾病，治疗以补肾益气为主。
总是腰疼可能是慢性积累性损伤、患有腰椎疾病等原因。
总是腰疼常见以下几种原因。1.由于长时间从事高强度的体力工作，导致腰部的肌肉受损，如果没有及时的处理，就会出现慢性累积性损伤，导致总是腰疼。2.患有腰椎疾病，如腰椎间盘突出、腰椎不稳等，腰椎肌肉负荷过重导致总是腰疼。患者应该减少活动，注意休息，清淡饮食。
如果是腰部疼痛，尿频，应考虑是肾盂肾炎或是腰椎间盘突出症炎。
应结合尿常规、尿培养、腹部CT检查来确诊。可以选择呋喃妥因片、磺胺嘧啶片等，同时服用三金片、八正胶囊等具有清热利湿通淋利尿的中成药。此外，避免久坐久站，长期从事站位工作者，工作一段时间后，需坐下休息，长期从事坐位工作者，每隔1小时，需要起身活动。