造成胚胎停育的原因是很复杂的，大多数时候只是因为胚胎自身质量问题，是染色体突变的问题。发生几率本身在人群就占15%左右，所以一次的胚胎停育一般不找原因，下次怀孕之前可以先做孕前检查，比如甲状腺激素优生项目，血糖，血脂，血尿常规，支原体，衣原体等。
生殖道解剖结构异常，内分泌异常，生殖道感染，血栓性疾病因素，免疫因素，其他尚有男性因素，都是导致胎停出现的原因。现在需要检查明确导致胎停的原因，针对性调理确保下次安全孕育。
造成胚胎停育可能是精子和卵子不健康的原因，也可能是内分泌原因，如先天性黄体功能不良的病人在未受孕时，黄体周期短或分泌高峰不够，受孕以后尤其在早期，因为孕激素不够造成流产或胚胎停育。
胚胎停育的原因包括：一、遗传因素。如果本身存在先天性遗传基因缺陷、染色体异常等问题时，就会增大发生胚胎停育的几率，常见的遗传基因缺陷主要是精子染色体异常或者卵子染色体异常。二、激素分泌不足。激素分泌不足也是一个导致胚胎停育的主要因素，激素分泌不足就会导致胚胎发育受到影响而造成停胎。三、子宫腔畸形。
总是胚胎停育流产应该就是精子和卵子质量不好引起的。出现这种病况要及时到当地的正规医院做彩超监测卵泡，看看卵泡的发育是否正常，男性到医院化验精液常规，看看精子是否有畸形。再根据检查结果对症治疗。
胚胎停止发育的原因包括胚胎或胎儿染色体发育异常，除了与遗传有关外，药物，感染等因素也可能会引起。包括全身的急性或者慢性疾病，生殖器官发育异常，内分泌失调，强烈的应激与不良的习惯，免疫功能异常等。