引起孕酮低的因素较多，最常见的原因是黄体功能不全，卵巢黄体发育不全时，孕酮含量相应降低。另一方面肾上腺、甲状腺功能严重失调等慢性疾病也会影响卵巢功能，使孕酮分泌减少。
一般情况下，妊娠后出现孕酮值偏高的情况有多种。
如果出现宫外孕、流产、黄体功能不全等情况。如果怀孕期间存在着甲状腺机能紊乱，或是胰岛素抵抗，那么就会导致孕酮水平下降。腹痛、见红、胚胎停育、流产是常见的症状。如果发现黄体酮偏低，需要到正规的医疗机构进行检查。通常情况下，医生会开一些口服的孕酮类药物，或是注射一些激素类的药物。
原因有胎芽先天质量不好，比如胎儿染色体异常。或者母体子宫环境不好，不能提供胚胎发育的因素。比如子宫内膜过薄，雌激素孕激素水平低下，对胚胎保护不足而产生排斥，或者受到外界不良因素的影响。
孕酮低通常是胚胎发育不良或是本身孕激素低有直接的关系，但是也可以通过后期的治疗提高孕酮值，卵巢黄体发育不全时，孕酮含量相应降低，孕酮过低容易导致肚子的胎儿流产。
在月经刚干净后，孕酮就是应该低的，这时候卵泡逐渐发育至成熟等到排卵后卵泡转化成黄体，就开始分泌孕激素，孕酮就开始升高。一般是最少也要大于5ng/ml。如果孕酮太低，就是因为黄体功能不足引起，多见于多囊卵巢综合征、卵巢早衰等疾病，会影响排卵。严重者会导致月经不调和不孕。如果怀孕后孕酮水平偏低，就是先兆流产的表现，也是因为黄体功能减退引起的，严重者会出现阴道流血的表现。
怀孕期间也可以出现孕酮低，如果体内的孕酮数值低，很容易引起月经不正常，可以口服药物，但是服用的时间和药量要在指导下进行，平时也可以通过食补来适当的补充体内缺乏的孕激素，如多吃点豆类食品。