生化妊娠流产的原因，首先是胚胎染色体异常，是生化妊娠流产最常见的原因。除遗传因素外，感染、药物等因素也可引起胚胎染色体异常。其次是母体全身性疾病，比如感染、发热、生殖器官异常、黄体功能不全、心理过于紧张等不良刺激等都可以导致流产。再次是父亲精子染色体异常。最后是环境中过多接触甲醛、放射线等。
生化妊娠是流产，生化妊娠就是在查血的时候，出现了绒毛膜促性腺激素升高或者做尿妊娠试验的时候出现了弱阳性的反应，但是过几天以后血中的绒毛膜促性腺激素降到正常，尿液呈阴性，这叫生化妊娠流产。
生化妊娠也属于流产，也就是受精卵赛，子宫内着床了，受体内激素影响，子宫内膜又脱落了，用了验孕棒检测，可能是两条杠，但是去医院做B超的话没有看到孕囊，也许还会有出血的症状，这很难觉察到，以为这只是一个正常的月经。
生化妊娠也算流产，但是称之为暗产，因为大多数生化妊娠都不会被检查发现。通常是在来月经前，受精卵就因为没有着床而排出宫腔，从而导致内膜剥落，引起如来月经的表现，所以常常被女性当做月经对待。
生化妊娠也是属于自然流产的一种，两者最大的区别来说就是怀孕时间的长短方面。生化妊娠是在排卵期同房后有受精卵的结合，然后有受精卵在宫腔内着床，但是着床不稳，随着月经出血被排了出来，如果不特意去查血HCG，很多人都不知道发生了生化妊娠。自然流产往往会有月经超期不来，经过检测，能够查到怀孕，但随着妊娠的进行胚胎死亡或者停止发育，然后有类似月经量的出血。
生化妊娠流产有可能是胚胎本身的质量不好，受精卵结合出现了变异或者是，女性身体中子宫和卵巢功能的缺陷，通常在超声检查中看不到孕囊，生化妊娠是指孕妇体内精子和卵子已经出现结合，但是由于一些特殊的原因，导致受精卵没有回到子宫着床，出现了妊娠的流产。