如果发生生理性囊肿，可以嘱咐患者在月经干净后2—3天进行复查，如果这时候囊肿消除，就可以判断是生理性的，期间可以不用做任何治疗。如果是非生理性囊肿，囊肿直径小于5cm，可以采取保守治疗。
子宫囊肿可以用手术刀将囊肿戳破，把囊肿内的囊液排出，进行消除。如果要消除囊肿，需要行腹腔镜手术或者开腹手术将囊肿剥离。但对于小于3cm以下的囊肿，往往不需要做任何的处理，而是随访复查彩超即可。
子宫囊肿通常指的是子宫颈囊肿，也称纳氏囊肿，是慢性宫颈炎的一种表现形式，并不是必须手术的。在宫颈糜烂愈合过程中，新生的柱状上皮可压迫宫颈腺管口或者是瘢痕堵塞腺管口，导致宫颈腺管变窄或堵塞，使腺管内的分泌物无法正常排出而形成的，突出于子宫颈表面的多个囊性肿物。对于囊肿比较分散，并且比较小的，可以考虑采取物理疗法。
子宫囊肿采用德国LEEP刀微创技术属世界专利技术，在欧美各个国家已有广泛运用，开辟了无伤害脱落炎症组织、凝结软组织的治疗全新局面，通过精确到微米级的电极丝来代替手术刀进行高质精细的微创性修复治疗，并发症极少。可以达到非常精细的手术效果，一般的子宫疾病3至10分钟即可治疗完毕。
如果做彩超显示子宫里有囊肿的话，口服药物治疗如果效果不明显的话可以做宫腹腔镜治疗。如果子宫囊肿比较大引起不孕症的话可以做宫腹腔镜手术治疗，注意保暖，注意休息，少吃腥辣刺激性食物，观察就可以了。
月经正常，那么是不会影响怀孕的，怀孕期间定期到医院进行孕期检查就可以。现在有子宫囊肿，子宫囊肿一般是良性的，可以不用紧张，只要是生长的，不是很快，而且没有不舒服的感觉，就不要太担心，平时多注意休息，定期检查。