一般数量不多的小的纳氏囊肿不需要特殊治疗，主要积极的治疗原发疾病，可以定期复诊。在合并有感染的时进行抗炎治疗。数量较多的或者体积较大的纳氏囊肿，可以通过激光、微波等物理治疗方法。
子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，子宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管将腺管堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。没有症状一般不需要处理。如果有白带增多可以局部用药物，平时注意保持外阴清洁干燥。
宫颈纳氏囊肿是指的宫颈腺管堵塞引起的，是慢性宫颈炎的一种，常伴有或者是不伴有分泌物增多，大部分没有异味。如果没有症状，囊肿小不需要治疗。如果是有下腹部坠胀，腰骶部不适考虑是囊肿过大引起的，可以用激光治疗或者是用穿刺针刺破囊肿，让里面的储留液流出，就可以缓解症状。
通常来说，宫颈纳氏囊肿和右侧卵巢囊肿可以通过手术进行治疗。
宫颈纳氏囊肿同宫颈柱状上皮异位、宫颈息肉一样，是慢性宫颈炎常见的一种表现，可以通过腹腔镜下卵巢囊肿摘除术；右侧卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，一般不会对人体造成损害，大多数患者的可自行消失，但部分患者的囊肿可不断增大，引起下腹部不适、月经异常等，可以通过手术进行治疗，比如卵巢囊肿剔除术、单孔腹腔镜下卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等。
这种病情的前期多是由宫颈糜烂转变来的。一般症状是可以不需要治，但现在的情况可以先进行保守治疗，吃些中药调理一下，或合并感染，可用微波治疗，或采用激光照射。注意保持外阴清洁，治疗时间选择在月经干净后3-7天内进行，治疗后要定期检查了解创面的愈合情况，在创面完全愈合之前禁止性生活和盆浴。
宫颈肥大并纳氏囊肿的治疗方法是对于继续增大或增多形成密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑激光等物理治疗；对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。囊肿体积较小，如无出现其他症状可不必治疗，注意定期复查便可。平时饮食宜清淡，不食辛辣，油炸等刺激性食物，注意经期个人卫生，只穿棉质和真丝内裤，并勤洗勤换，房事前后记得清洗会阴等。